綠色殯葬的申請人須具備「領取骨灰許可證」，或獲得「領取骨灰許可證」持證人書面授權，並在撒放骨灰日期前至少十四天親自到位於紅磡或跑馬地的食物環境衛生署墳場及火葬場辦事處辦理申請手續。以下是申請綠色殯葬的程序：
申請表格: 填妥申請表格，並攜帶已填妥的表格前往食物環境衞生署墳場及火葬場辦事處。
領取骨灰許可證: 申請人需攜帶「領取骨灰許可證」正本（此項不適用於仍存放在政府火葬場內的骨灰）及先人的香港身份證明文件副本。
授權文件: 若申請人非「領取骨灰許可證」持證人，則需攜帶已獲持證人簽署的授權文件正本及持證人的身份證明文件副本以供核實。
申請海撒: 如申請在海域撒放骨灰，申請人需同時提供當地鄉事委員會發出的證明信及先人的法定代理人或最近親作出的法定聲明文件正本及副本，以證明先人符合離島區的居住要求。
申請費用: 申請人需繳付行政費用港幣90元。
申請批准: 申請經食物環境衞生署批准後，申請人可按計劃將骨灰撒放在指定的紀念花園內，撒放費用全免。
牌匾紀念: 申請人亦可為合乎資格的先人，在撒放骨灰的紀念花園匾牆上裝置牌匾，紀念先人。牌匾上可以展示先人的照片。
申請人可從食物環境衛生署網站下載申請表格（FEHB 219），或向各墳場及火葬場辦事處索取表格。此外，申請人亦可透過電子表格（eFEHB 219）填寫申請資料並在線上提交申請。對於透過電子表格、郵寄或傳真方式遞交申請的申請人，食物環境衞生署職員將在約見時核實申請人的相關文件。